[결정요지]
청구법인이 쟁점물품의 실제 화주가 아닌 수입대행자에 불과하다고 보기 어려우나, 쟁점물품이 개별소비세 과세대상임을 인지하였음에도 관세조사를 중지하였다가 과세처분한 것은 그 상당기간에 대한 납부지연가산세 면제사유에 해당함

[주 문]
서울세관장이 2024.7.30. 및 2024.9.23. 청구법인에게 한 수입신고번호 OO호 및 OO호에 대한 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원의 부과처분은 2021.2.10.부터 이 건 처분일까지의 기간에 대한 납부지연가산세는 부과하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2019.8.7.부터 2020.6.23.까지 중국 소재 A 등으로부터 수입신고번호 OO호 외 8건으로 중국 소재 B(이하 "C사"라 한다) 등이 생산한 니코틴 원액을 사용하여 제조된 전자담배용 니코틴 용액(이하 "쟁점물품"이라 한다)을 수입하면서, 쟁점물품이 연초(담배)의 줄기(대와 가지)에서 추출된 니코틴으로 제조되었기 때문에 「담배사업법」 제2조 제1호에서 규정한 담배에 해당하지 않으므로 개별소비세 납부대상이 아니라고 보아, 한-중 FTA 협정관세율(0%)을 적용하여 부가가치세만을 신고․납부하였다.

나. 감사원장은 2019.12.4. 관세청장에게 탈세 및 국민건강 침해를 초래하는 전자담배의 줄기니코틴 관련 감사결과를 통보하였고, 관세청장은 2020.7.6. 처분청에 전자담배용 니코틴 용액 수입업체들에 대한 관세조사를 지시하였다.

다. 처분청은 2020.8.10.부터 2024.9.5.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 결과, 쟁점물품이 연초의 잎맥으로 제조되었기 때문에 「담배사업법」상 담배에 해당한다고 보아,
2024.7.30. 청구법인에게 쟁점물품 중 과세전통지를 하려는 날로부터 3개월 이내에 부과제척기간이 만료되는 수입신고번호 OO호(2019.8.7.)에 대하여 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원을 경정․고지(이하 "쟁점처분①"이라 한다)하고,
나머지 수입신고번호 OO호(2019.11.22.) 외 7건에 대하여 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원을 과세전통지하였다.

라. 청구법인은 2024.8.29. 위 과세전통지를 받은 8건에 불복하여 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 위 청구 건 중 과세전적부심사를 청구한 날부터 부과제척기간이 3개월 이내에 만료되는 수입신고번호 OO호(2019.11.22.)에 대하여, 2024.9.23. 청구법인에게 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원, 가산세 OO원, 합계 OO원을 경정·고지(이하 "쟁점처분②"라 하고, 쟁점처분①을 포함하여 "쟁점처분"이라 한다)하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.24. 및 2024.11.18. 각각 심판청구를 제기하였다.
＜표1＞ 쟁점처분 및 심판청구 내역

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 적법한 기간 내에 심판청구를 제기하였다.
(가) 처분청은 2024.10.14.자 심판청구(이하 "쟁점심판청구"라 한다)가 각하되어야 한다는 의견이고, 그 근거로 청구법인이 2024.10.14. 수입신고번호 OO호(2019.11.22.)를 청구대상으로 심판청구를 제기한 후, 2024.11.18.자의 청구이유서에서 심판청구대상을 수입신고번호 OO호(2019.8.7.)로 변경하여 제출한 사실을 제시하고 있다.

(나) 그러나, 청구법인은 처분청의 공문(심사4관-OO 및 심사4관-OO)을 기준으로 쟁점심판청구를 제기하였다. 즉 쟁점심판청구는 2024.7.30. 송달받은 수입신고번호 OO호에 대한 것이고, 2024.11.18.에 제기한 심판청구는 2024.9.23. 송달받은 수입신고번호 OO호에 대한 것이다.
＜표2＞ 쟁점처분 및 심판청구 내역

(다) 이후 청구법인은 2024.11.18. 쟁점심판청구에 대한 청구이유서를 제출하면서 위 오기 부분을 바로잡아 보정하였다.

(라) 국가의 과세처분에 대하여 불복을 하는 것은 관련 법령이 정하고 있는 납세자의 권리로서 마땅히 보호되어야 한다. 단순 오기를 문제 삼아 청구기간을 도과하였으므로 각하되어야 한다는 처분청의 의견은 과세처분에 대한 불복 절차를 형해화하는 것으로 용인될 수 없다.

(마) 또한, 심판청구는 결정이 내려지기 전까지 제출된 주장 및 그에 대한 입증자료를 종합하여 그 당부를 결정하게 되는 것인바, 쟁점심판청구에 대한 결론이 아직 내려지기 전이고, 청구법인이 청구기간 내에 처분청의 과세처분에 대하여 불복할 의사를 명확히 하였음에도, 이미 보정까지 이루어진 단순한 오기를 문제 삼아 심판청구를 각하하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(2) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사 청구권을 침해하는 등 쟁점처분은 절차상 중대한 하자가 있어 위법하다.
(가) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사 청구권을 침해하였다.
1) 처분청은 2020.8.10. 청구법인에 대한 관세조사를 시작하여 약 4년(약 1,465일) 동안 아무런 과세권을 발동하지 않았고, 실질적으로 관세조사를 한 적도 없다.

2) 청구법인은 2020년 8월경 처분청의 납세자보호위원회에 인천지방국세청의 중복조사와 관련하여 과세권한이 누구에게 있는 것인지 등에 관한 판단을 요청한 이후, 처분청은 관세조사의 중지와 재개를 반복하였다. 결국 처분청의 납세자보호관이 "처분청에게 우선적 과세권이 있다"라는 판단을 내림에 따라 처분청은 관세조사를 재개하였으나, 2020년 11월경 인천지방국세청이 수입물품에 대하여 연도별로 일괄과세하자 다시 관세조사를 중지하였다. 그리고 3년 6개월이란 오랜 기간 동안 아무런 관세조사를 하지 않고 있다가, 지난 2024년 7월경 느닷없이 조사재개를 일방적으로 통보하고, 쟁점물품에 대한 부과제척기간 만료일(2024.8.7.)을 불과 7일 앞둔 2024.7.30. 과세전통지(8건)와 경정․고지에 따른 납세고지서를 동시에 송달하였다.

3) 청구법인은 6회에 걸친 처분청의 자료제출 요구에 대응하여 충실히 관련 자료를 제출하였고, 처분청은 여러 차례에 걸쳐 과세권을 행사할 수 있었음에도 이를 소홀히 하였다.
처분청은 청구법인이 C사와 관련하여 제출된 자료가 미비하고, 그나마도 객관적인 증거가 아니었으며, 인천세관에 수입신고 시 제출하였던 자료를 요청하고, 인천지방국세청에도 협조요청을 하면서 청구법인에 대한 관세조사를 진행하였다는 의견이나, 당시 청구법인은 인천지방국세청에 모든 수입물품 관계 서류 등을 제출한 상태였으므로 처분청이 위에서 언급한 서류 외에는 그 어떠한 자료도 제출할 수 없는 상황이었다. 그리고 인천지방국세청에서 2020년 11월경 청구법인에 대한 연도별 일괄과세를 하였는바, 청구법인으로서는 이 사건이 처분청의 관할이 아니라 국세청의 관할에 속하는 것으로 인식할 수밖에 없었다.
즉, 청구법인으로서는 인천지방국세청에 불복하고 관련 행정소송이 진행 중인 상황에서, 처분청이 중복적으로 과세권을 행사할 것이라고는 전혀 예상할 수 없었다.
또한, 「관세법 시행령」 제139조의2 제3항에서 "세관공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 조사를 진행하기 어려운 경우에는 조사를 중지할 수 있다"라고 규정하고 있으나, 청구법인의 경우 예시된 어느 경우에도 해당하지 않는다.

4) 나아가 처분청은 청구법인의 권리보호심의 요청을 문제 삼고 있다. 그러나 처분청 소속 납세자보호관은 "처분청이 우선적 처분권한을 가지고 있다"라고 판단한바, 처분청은 그 당시에 그대로 과세권한을 행사하면 되는 것이었다. 그럼에도 불구하고 처분청이 뒤늦게 과세처분을 한 이유는 인천지방국세청이 과세처분을 하였기 때문인 것으로 볼 수밖에 없다.

5) 처분청은 사전적 권리구제제도인 과세전적부심사는 조세부과 제척기간이 임박한 경우에는 생략할 수 있으므로 과세처분의 필수적인 전제가 되는 것은 아니라는 의견이나, 조세심판원의 선결정례 및 판례에 비추어 보아도 쟁점처분은 절차상 중대한 하자가 있다.
조세심판원의 선결정례(조심 2022서1817, 2022.9.29.)에 비추어,
처분청은 3년 6개월이란 장기간 동안 얼마든지 관세조사를 실시하고, 과세전통지를 하여 청구법인으로 하여금 사전적 권리구제제도인 과세전적부심사 제도를 이용할 수 있도록 그 절차적 권리를 보장하였어야 함에도 불구하고 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하였는바, 이는 납세자의 중대한 권리인 과세전적부심사청구권을 형해화하는 것으로 그 위법의 정도가 중대하다 하지 않을 수 없다.
법원 역시 과세예고통지를 하지 않은 과세처분은 중대한 절차적 하자가 있다고 판단함으로써 그 처분이 위법하다고 인정한바(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결), 행정처분에 있어서 적법절차의 원칙이 준수되어야 한다는 점을 반복적으로 확인해오고 있다. 적법절차의 원칙은 국민에 대한 불이익한 처분 전반에 걸쳐 준수되어야 하는 것인바, 위와 같은 처분청의 의견은 이유가 없다.

(나) 또한, 법원은 과세관청에 과세전적부심사를 청구했는데 그 청구기간이 30일이 지나기 전에 과세처분을 한 것은 절차상 하자가 중대·명백하여 무효라고 판시(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)하였다. 처분청은 과세전적부심사가 진행 중임에도 과세전적부심사를 청구한 날부터 3개월 이내에 부과제척기간이 만료한다는 이유로 쟁점처분②를 하였으나, 이러한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다.

(3) 쟁점처분은 중복조사에 해당한다.
처분청과 인천지방국세청 간에 2020년 8월부터 동일한 수입 건에 대하여 과세관할권 문제가 제기되었고, 인천지방국세청이 2020년 11월경 쟁점물품에 대하여 연도별로 일괄 과세하자 처분청의 관세조사는 중지되었다. 이후 약 4년에 걸쳐 인천지방국세청의 과세처분에 대한 심판청구를 거쳐 현재 행정소송 2심이 진행 중이다. 따라서 처분청이 쟁점물품에 대한 관세조사 중지 후 다시 관세조사를 재개하는 것은 인천지방국세청이 조사 후 과세한 사안에 대한 중복조사에 해당한다.

(4) 청구법인은 쟁점물품에 대한 실제 납세의무자가 아니므로 쟁점처분은 위법하다.
(가) 「국세기본법」 제14조 제1항은 "과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 대에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다"라고 규정하고 있다.
법원은 "그 물품을 수입한 실제 소유자인지 여부는 구체적으로 수출자와의 교섭, 신용장의 개설, 대금의 결제 등 수입절차의 관여 방법, 수입화물의 국내에서의 처분·판매의 방법의 실태, 당해 수입으로 인한 이익의 귀속관계 등의 사정을 종합하여 판단하여야 하며, 이와 같이 해석하는 것이 「관세법」에도 적용되는 실질과세 원칙에 부합하는 것이다"라고 판시하고 있다(대법원 2003.4.11. 선고 2002두8442 판결).

(나) 청구법인은 위 법률 및 판례에 비추어 실제 납세의무자가 아니다. 판례(대법원 2003.4.11. 선고 2002두8442 판결)를 이 건에 적용하면 청구법인은 수출자와의 교섭, 당해 수입으로 인한 이익의 귀속 등 어느 경우에도 해당하지 않는다는 것을 확인할 수 있다.
1) 청구법인은 쟁점물품의 수입과 관련하여 수출자인 중국 소재 업체와 교섭을 한 사실이 없다.
청구법인은 주식회사 D(이하 "E"라 한다)가 청구법인 외에 다른 공급처를 물색하는 것에 대하여 항의하였고, E는 자신의 잘못을 시인하고 이미 협상이 완료된 중국 소재 줄기니코틴 업체와의 계약 관계에 청구법인을 참여시키는 방식으로 청구법인이 입게 될 손해를 보전해 주었다.
즉, 청구법인은 ① E의 지시에 따라, ② E와 중국 소재 줄기니코틴 업체 사이의 계약내용에 맞추어 쟁점물품을 수입하였을 뿐, 쟁점물품의 수입과 관련하여 중국 소재 줄기니코틴 업체와 그 어떠한 협상도 한 사실이 없다.
처분청은 청구법인이 니코틴액상수입 SCM(Supply Chain Management)을 수출자인 F사에게 직접 수입 발주하였다는 의견이나, 청구법인은 E의 지시에 따라 OO협회에 가입하여, 해당 협회가 독점적으로 취급하던 C사의 줄기니코틴을 공급받을 수밖에 없었고, 계약체결 과정은 실질적으로 ㈜G(후에 E로 합병됨)의 b 대표가 주도하였다. 청구법인이 ㈜H과 체결한 계약서를 보더라도 이러한 내용을 확인할 수 있다.
또한, 처분청은 청구법인이 2017년 이후 지속적으로 납세의무자로 신고하였으며 쟁점물품에 대한 과세전통지 이후부터 수입대행이라고 주장하였다는 의견이나, 청구법인은 최초 자료 제출시부터 분명히 청구법인과 E의 관계를 설명하였고, 당시에는 인천지방국세청과 처분청 간의 중복조사문제에 관심이 집중되어 있었던 관계로 처분청의 후임자들에게 이와 같은 사실이 제대로 전달되지 않았던 것으로 보인다.

2) 쟁점물품의 대금 역시 사실상 E가 지급하였다.
가) 청구법인과 E 간의 OEM 계약서 제6조에서 대금지급 시기와 관련하여 "본 계약의 상품대금은 완품 출고일을 기준으로 인도 전 '을(청구법인)'에게 송금하여 지급한다"라고 정하고 있다.
통상적으로 OEM계약에 있어서는 제품의 인도와 동시에 또는 제품 인도 후 검수까지 마친 후에야 그 대금을 지급하게 된다. 그런데 위에서 보는 바와 같이 청구법인과 E는 물품의 '인도 전'에 대금을 지급하는 조건으로 계약을 체결하였고, 청구법인은 미리 지급받은 물품대금으로 니코틴 수출업체에게 대금을 지급하였다.
나아가 위 계약서 제3조 제1항은 "을(청구법인)은 갑(E)이 지시하는 대로 제품 및 포장 등에 갑(E)의 상표, 로고, 기타 필요한 사항을 부착하여 생산된 제품의 전량을 갑(E)에게만 공급한다"라고 정하고 있고, 제4조 제1항은 "주문서에는 물품명, 규격, 수량, 인도시기, 인도수량 등을 명기한다"라고 정하고 있다. 이처럼 청구법인은 쟁점물품의 수입과 관련하여 자체적인 결정 권한을 가지고 있지 않았다.
처분청은 OEM 공급방식은 일반적으로 공급자에게 일정 수준 이상의 이익을 보장해 주기 위해 채택하는 거래방식의 하나일 뿐, 청구법인이 실제 소유자가 아니라는 점에 대한 근거가 될 수 없다는 의견이나, 청구법인은 OEM 공급계약서에 따라 E가 지정한 니코틴만을 사용할 수밖에 없었고, 또한 향료회사 및 향료 원료의 선택, 제조방식 등 역시 E의 지시대로 할 수밖에 없었으며, 심지어 포장 및 박스, 스티커 등의 모든 상품기획도 E의 지시에 따랐고, 제품전량을 E에게만 납품하여야 하며, 납품가격도 청구법인의 의사대로 결정할 수 없게 되어있는바, 청구법인이 E와 구분되는 독립적인 경제주체였다면 위와 같은 내용의 계약을 체결하지 않았을 것이다.

나) PURCHASE ORDER에 기재된 이메일 주소는 E의 업무지시메일인 'OO'이다. 통상적으로 거래계약을 할 때 사용하는 이메일 주소는 이후 업무간 소통을 위해서 당연히 회사의 담당자가 소통할 수 있는 회사 이메일로 기재를 하는 것이다. 그래야 소통이 제대로 이루어지고, 주고 받은 내역이 명확히 남게 되어 증빙자료로도 사용이 가능한 것이다. 이는 명확히 E가 수입물품의 실제 소유주임을 판단할 수 있는 증거이다. 이렇게 E는 업무메일로 철저하게 업무지시를 하였던 것이다(예를 들면, E가 액상발주, 구매계약서, 하물며 OO쥬스 케이스, 스티커까지 철저하게 지시하여 청구법인은 이를 단순히 실행한 것이다).

3) 청구법인은 수입한 쟁점물품을 모두 E에만 공급하였고, 이후 일반 소비자에 대한 판매는 E에 의하여 이루어졌다. 청구법인은 수입한 쟁점물품을 그대로 E에 공급하거나(전자담배용 니코틴 액상 완제품), 쟁점물품의 소분 공정만을 수행한 후 그 전량을 E에게 공급하였다(전자담배용 니코틴 액상 대용량 제품).
또한, 청구법인은 쟁점물품에 자신의 상표를 부착할 수도 없었고, E에 대한 납품의 대가도 미리 정해져 있었다(E는 자신들이 제작한 완제품 액상샘플을 제시하면서 동일하게 제작하길 요구하였고, 청구법인은 동일하게 제작하여 납품하였다).

4) 쟁점물품의 수입으로 인한 이익은 사실상 E가 독점적으로 취득하였다. 청구법인은 쟁점물품 수입과 관련하여 수입대행 수수료 또는 소분 공정의 임가공비만 지급받았을 뿐, 쟁점물품의 국내 유통으로 인한 이익은 모두 E가 취득하였다.
처분청은 청구법인이 E와 상호 협의를 통해 판매가격을 조율할 수 있는 권리가 있으므로 수입 이후 발생한 국내 판매행위가 존재한다고 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점물품 전량을 E에 공급하여 재고에 대한 손실의 부담도 없고, 청구법인의 귀속이익은 수입대행 수수료 정도로 밖에 볼 수 없을 것이며, 실제 이익의 귀속은 물품을 팔았을 때의 실제 남는 이익이 누구에게 귀속되는지를 다투는 것으로, 한 개의 물건을 팔았을 때 서로에게 각자 귀속되는 금액을 따지는 것일 뿐 이익률의 방식으로 달리 계산할 바는 아닌 것이다.
청구법인은 완제품을 수입한 경우이든, 대용량 제품을 소분·포장하여 공급하는 경우이든 구분하지 않고 30ml 액상 1병 당 OO원에 E에게 공급하였는데, 그 구체적인 수익구조를 살펴보면,
전자담배용 니코틴 액상 완제품의 경우, 청구법인은 30ml 액상 1병 당 평균 OO원 정도의 수수료를 받았고, 그 중 150원 정도를 E의 c 대표에게 배당금 명목으로 지급하였다. 결국 청구법인이 완제품 수입으로 인하여 얻은 수익은 30ml 1병당 약 OO원 정도로 이는 일반적인 경우의 수입대행수수료에 지나지 않는 금액이다.
또한, 전자담배용 니코틴 액상 대용량 제품의 경우, 청구법인은 쟁점물품을 소분·포장하는 공정을 수행하는 대가로 30ml 액상 1병당 OO원을 지급받았는데, 실제 순이익은 OO원~OO원 정도에 불과하였고, 그중 E의 c 대표에게 배당금 명목으로 OO원〜OO원을 지급하였습니다. 따라서 청구법인이 임가공으로 얻은 순수익은 30ml 1병당 약 OO원 정도에 불과하였다.
＜표3＞ 대용량 제품(30ml 액상)의 판매이익률(청구법인 제시)
(단위 : 원)
한편, E는 총판 및 대리점에 전자담배용 니코틴 액상 완제품을 30ml 1병 당 OO원에 판매하였다. 청구법인이 E에게 공급한 단가가 OO원임을 고려하면, E는 30ml 1병 당 OO원의 순이익을 얻은 것으로 볼 수 있고, 이를 청구법인의 순이익과 비교하면 무려 13배에서 22배까지 차이가 난다.
＜표4＞ 니코틴 액상 완제품의 판매이익률(청구법인 제시)
(단위 : 원)
더구나 청구법인이 독립적인 경제주체로서 쟁점물품의 수입으로 인한 이익을 얻었다고 보려면, 판매부진 등으로 인한 손실 위험 역시 감당하였어야 할 것인데, 위에서 본 바와 같이 청구법인은 E가 요구하는 수량에 맞추어 쟁점물품을 수입하였고, 그 전량을 E에게 공급함으로써 재고부담이 전혀 없었다.
이와 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 쟁점물품의 수입으로 인한 이익은 E에게 귀속되었다고 보아야 한다.

5) E도 쟁점물품에 대한 실제 납세자라는 것을 어느 정도 인정하고 있다. E의 대표 b과 c은 2024.8.26. "사실관계 및 협조의향서"를 통하여 ㈜H사의 대표 d과 C사와의 거래를 할 수밖에 없었다는 사실을 밝히고, d, e이 주도한 OO협회를 통하여 쟁점물품을 수입하였으며, E도 "청구법인이 수입대행을 한 것이 있다면 이에 대한 책임을 구분할 의향이 있고, 처분청을 통하여 수입통관 사실품목에 기준하여 합리적으로 판단하고 싶고, E도 아무런 소명기회나 정보 인지 기회조차 없었던 상황이기에 사실확인이 있기를 원합니다"라고 하였다. E는 이러한 "사실관계 및 협조의향서"를 공증하였다.
E의 이러한 태도는 수입대행 내지 OEM거래가 아니라면 아예 상대도 하지 아니할 것인데 이러한 "사실관계 및 협조의향서"를 공증해 준다는 것은 사실상 E가 수입물품의 실제 소유주이고 실제 납세의무자가 된다는 것을 증명하는 것이라 볼 수 있을 것이다.

나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점처분①에 대한 심판청구 기간이 지난 후에 심판청구를 제기하였으므로 쟁점심판청구는 각하되어야 한다.
(가) 「관세법」 제131조에서 같은 법 제119조에 따른 심판청구에 관하여는 「국세기본법」을 준용하고, 「국세기본법」 제68조에서 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 2024.10.24. 쟁점심판청구를 제기하면서 심판청구서의 ⑨번란[처분의 내용 또는 통지된 사항]에 '2024.7.30. 심사4관-OO호로 수입신고번호 OO호(2019.11.22.)로 수입신고한 건에 대하여 과세전통지한 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원, 가산세 OO원의 합계 OO원 부과고지'라고 기재하였고, 위 심판청구서 하단에 청구 취지와 상세 의견진술서는 별도 송부한다고 기재하였다.

(다) 이후 청구법인은 2024.11.18. 청구이유서를 송부하면서 심판청구 대상을 쟁점처분①의 수입신고번호 및 해당 금액으로 변경하였다. 이는 청구법인이 쟁점처분①에 대한 통지를 받은 날인 2024.7.30.로부터 111일이 경과된 시점에서 쟁점처분①의 수입신고번호 및 해당 금액으로 심판청구 대상을 변경한 것이다.

(다) 이와 관련된 규정을 살펴보면, 「관세법」 제131조 제2호에서심판청구에 관하여 같은 법 제121조 제3항․제4항, 제123조 및 제128조를 준용한다고 규정하고 있고, 「관세법」 제123조에 따라 심판청구서의 보정은 심판청구에 대한 결정을 하는 조세심판원장이 할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 청구법인의 쟁점심판청구 대상을 변경한 행위는 청구법인의 임의적인 보정행위로 적법하지 않다.
또한, 「관세법」 제120조 제1항 단서규정에서 준용하고 있는 「행정심판법」 제29조 제29조 제1항에서 "청구법인은 청구의 기초에 변경이 없는 범위에서 청구의 취지나 이유를 변경할 수 있다"고 규정하고 있으나, 이 건 청구대상의 변경은 이에 해당하지 않는다.

(라) 결론적으로 청구법인은 청구이유서를 제출하면서 청구 대상을 임의로 변경하였는바, 이는 「관세법」 제123조 제1항에서 규정하고 있는 보정의 범위나 「행정심판법」 제29조 제1항에서 규정하고 있는 청구의 변경 범위에 해당하지 않아, 쟁점처분①에 대한 심판청구는 심판청구 기간이 지난 후에 제기한 경우에 해당하므로 각하하는 것이 타당하다.

(2) 처분청은 충분한 조사를 거쳐 쟁점처분을 하였으므로 쟁점처분에 절차적 하자는 없다.
(가) 관세청장은 2020.7.6. 처분청에 기획심사를 지시하였고, 처분청은 2017.11.8.〜2020.6.30.을 조사대상기간으로 하여, 2020.8.10. 청구법인에 대한 관세조사를 시작하였다. 그리고 처분청은 관세조사를 진행하면서 조사기간 동안 여러 차례 청구법인에게 자료 제출을 아래와 같이 요청하였다.
＜표5＞ 처분청의 청구법인에 대한 자료 제출 요청 내역

(나) 이처럼 처분청은 청구법인에게 청구법인이 수입한 니코틴 용액에 대한 소명 기회를 계속하여 제공하였으나, 청구법인은 관련 자료를 제출하지 않았다. 구체적으로, 청구법인은 거래 내역 중 I(이하 "J사"라 한다) 거래 관련 계약서, J사 니코틴 수출자의 줄기 니코틴 진술서 등 J사 관련된 거래 자료만 제출하였을 뿐이고, C사와 관련된 자료는 청구법인이 작성한 C사 니코틴 용액 수량 확인서만 제출하였다. 이에, 처분청은 거듭하여 관련 자료를 요청하였으나 청구법인은 C사와 K사 관련 니코틴에 대해서는 별도로 소명자료를 제출하지 않았다. 그리고 그나마 제출한 J사 관련 자료 또한 쟁점물품이 담배 줄기에서 추출된 니코틴 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증거가 아니었다.

(다) 처분청은 청구법인의 자료 제출 여부와는 별도로, 청구법인이 쟁점물품을 수입통관한 인천세관에 청구법인이 수입신고시 제출하였던 서류들을 요청하고, 인천지방국세청에도 협조 요청을 하면서 관련 내용들을 검토 및 조사하였다. 또한, 청구법인이 수입한 니코틴 용액의 원액 제조자가 동일한 사례에서 검토되었던 자료들을 확보하여 검토하는 등 청구법인에 대한 관세조사를 진행하였다.

(라) 처분청의 지속적인 쟁점물품에 대한 자료 요청에도 불구하고, 청구법인은 관련 자료를 충실하게 제출하지 않았고, 이에 처분청은 부득이 「관세법 시행령」 제139조의2 제3항 제2호 규정에 근거하여, 자료제출 완료시를 기한으로 관세조사를 중지할 수밖에 없었다. 그리고 청구법인의 자료 미제출로 인한 조사 중지 기간만큼 같은 법 제139조의2 제3항 단서 조항에 따라 연장하였다. 또한, 청구법인은 관세조사가 진행되는 도중 서울세관 납세자보호위원회에 권리보호 심의를 요청하였고, 관련 법에 따라 납세자보호관의 조사기간 동안에도 관세조사는 중지되었다. 이처럼, 관세조사 기간 동안 이루어진 처분청의 관세조사 중지는 명백히 관련 법령에 따라 시행되었음을 확인할 수 있다.

(마) 처분청이 과세전통지를 거치지 않고 개별소비세 등을 부과한 쟁점처분①은 「관세법」 제118조 제1항 제1호에서 특별히 정하고 있는 예외사유에 해당하고, 과세전적부심사가 진행 중이던 수입신고번호 OO호에 대한 쟁점처분②는 「관세법 시행령」 제143조 제2항 제1호 규정에 근거한 처분이었다. 즉, 관련 규정에 의거 과세전통지 및 과세전적부심사가 생략되었다 하더라도 청구법인은 사후적 구제절차로서 법령에서 규정한 이의신청․심사․심판청구나 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 그러므로 과세전적부심사 기회를 부여하지 않았다는 이유만으로 절차상 하자라거나 부당한 처분이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
법원도 이와 관련하여 과세전적부심사제도와 관련하여 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 생략할 수 있으므로 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니라고 하고 있다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결).

(3) 처분청의 관세조사와 국세청의 세무조사는 중복조사에 해당하지 않는다.
(가) 처분청의 관세조사와 국세청의 세무조사는 각 조사의 주체 및 조사 대상 등이 다르므로 중복조사에 해당하지 않는다.
청구법인은 중복조사와 관련하여 처분청의 관세조사 과정에서도 동일한 주장을 제기하였다. 청구법인은 2020.11.3. "처분청의 관세조사와 국세청의 세무조사가 동일한 세목(개별소비세)을 조사하고 있기 때문에 위법·부당한 중복조사에 해당한다"면서 서울세관 납세자보호위원회에 권리보호 심의 신청을 하였다. 이에, 납세자보호위원회는 2020.11.13. "관세조사는 수입된 물품에 대하여 조사하는 것으로서 세무조사의 과세대상물품과 서로 상이하여 중복조사에 해당되지 않는다"고 보아 '심의제외' 결정을 하였다.

(나) 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다"라고 규정하고 있다.
이와 관련하여 살펴보면, 쟁점처분의 과세기간은 2019년 8월부터 2020년 6월까지이고, 국세청의 과세기간은 2017년 1월부터　2018년 12월까지의 기간으로 대상 기간이 중복되지 않는다.
즉, 처분청의 관세조사와 국세청의 세무조사는 같은 세목(개별소비세) 일지라도 과세기간이 다르기 때문에 중복조사에 해당하지 않는다.
법원에서도 이와 관련하여 「국세기본법」에서 금지하는 중복 세무조사는 같은 세목 및 과세기간에 대하여 금하는 것이라고 하였다(서울고등법원 2023.10.27. 선고 2022누64930 판결).

(다) 설령, 청구주장과 같이 중복조사로 볼 여지가 있다 하더라도, 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제1호는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우 재조사가 가능하다고 규정하고 있고, 처분청의 관세조사는 인천지방국세청장의 세무조사가 시작된 이후 2019년 11월경 감사원의 조세탈루 혐의를 인정하는 내용의 감사보고서에 의하여 이루어졌다. 따라서 처분청의 관세조사는 「국세기본법」에 명시된 예외 사유에 해당하여 적법하게 이루어진 재조사이므로 위법한 중복조사에 해당하지 않는다.

(4) 청구법인은 쟁점물품에 대한 실제 납세의무자이므로 쟁점처분은 적법하다.
(가) 수입절차 내에서 청구법인의 역할, 관여 방법들에 대한 관련 사실들을 종합하여 보더라도 청구법인이 거래 계약의 당사자이다.
1) 청구법인이 제출한 '니코틴 액상 수입 SCM'을 보면, 청구법인이 수출자 F에게 직접 수입 발주하였음을 알 수 있다.

2) 또한, 중국 내 수출신고서를 비롯하여 Invoice, B/L, Packing List, 원산지증명서 등 수입통관 단계에서 필수적인 서류들을 살펴보아도 L 명의로 작성된 사실이 확인된다.

3) 청구법인은 한강유역환경청장에 수입신고시 스스로를 수입물품의 화주로 신고하였다. 「화학물질관리법」에 따라 유독물질 등 취급제한 물질을 수입하려면 해당 물품을 관련 법에 따라 관할 지방환경청장에게 신고를 한 후 수입할 수 있다. 이 건에서 지방환경청장에게 수입신고를 한 것은 청구법인이다.

4) 청구법인은 니코틴 원액 제조자 C사와 관련된 증빙서류 준비 업무를 ㈜H에게 일임하고, 이에 관한 계약을 체결하였다.
청구법인은 이 업무계약서가 쟁점물품이 어디서 생산하는지, 어떻게 공급 받아오는지 청구법인이 전혀 알지 못하고 있음을 증빙하고 있다고 주장한다. 그러나, 업무계약서에서는 청구법인이 실제 제조(C사 니코틴 원액 희석) 및 선적서류 등을 책임지면서 업무협약 외의 모든 업무들은 청구법인이 직접 진행하도록 하고 있는 반면, ㈜H은 C사가 발행하는 줄기니코틴 증빙서류 준비 업무만을 하고 모든 생산품에 대해 관여하거나 책임지지 않도록 하고 있음이 확인된다.
즉, ㈜H은 C사로부터 관련 증빙서류를 받아 전달하는 역할만 할 뿐이고, 중국 수출자와 관련된 모든 업무는 청구법인의 역할임을 알 수 있다. 이는, 앞선 '니코틴 액상 수입 SCM'자료에서도 확인되듯 ㈜H은 니코틴 원액 제조자인 C사와 관련하여 줄기니코틴 증빙서류 업무만 하고 있다고 기재되어 있으므로 쟁점물품의 수입거래 당사자는 청구법인임이 거듭 확인된다 할 것이다.

(나) 청구법인은 2017년 설립 이후 지속적으로 청구법인을 납세의무자로 신고하였다. 청구법인은 E와 청구법인이 수입대행 관계라고 주장하나, 수입대행이란 수입대행자와 위탁자간 수입대행계약에 따라 일정한 대행수수료를 받고 수입대행자 명의로 수입하는 것을 의미한다. 그리고 수입대행의 경우, 「관세법」 제19조 제1항 제1호 가목에 따라, 위탁자를 납세의무자로 신고하여야 하나, 청구법인은 2017년 설립 이후 2020년까지 3년 이상 수입신고를 하면서 단 한번도 E를 납세의무자로 신고한 적이 없다.
또한, 청구법인이 스스로를 실제 화주(납세의무자)가 아닌 수입대행자라고 인식하였다면, 관세조사 진행단계에서 청구법인의 행위는 수입이 아닌 수입대행이었음을 적극적으로 주장하였어야 하나, 청구법인은 과세전통지 이후 과세전적부심사 단계에 이르러 청구법인이 납세의무자가 아니라고 주장하고 있다.

(다) 청구법인이 쟁점물품 대금을 직접 수출자에게 지급하였고, 수입 제비용 또한 직접 지급하였다.
1) 청구법인은 E가 쟁점물품의 대금을 사실상 지급하였다고 주장하면서, E와 맺은 OEM계약서의 규정을 근거로 들고 있다.

2) 그러나 이는 사실이 아니다. 예를 들어 쟁점물품의 수출자 중 하나인 'F사'에게 물품대금을 송금한 내역과 그 관련 수입신고 건과 관련하여 청구법인의 수입신고번호 OO호에 대한 대금 지급순서를 보면, 수입신고일자는 2019.11.22.이고, 수출자에게 외환송금한 날은 2019.10.7.과 2019.10.22.인 것을 확인할 수 있다.
청구법인 주장처럼 수입대금 지급이 사실상 E의 자금으로 이루어지려면, 쟁점물품 수입 이전(혹은 수입대금 송금 이전)에 E가 대금을 지급함으로써 실제 E의 자금으로 수입대금 결제가 이루어져야 한다. 그러나, 청구법인은 물품 대금 송금 이전에 관련 물품 대금을 E로부터 지급받은 증거도 제시하지 못하고 있다. 그러므로 국내에서 완제품 인도전 상품대금을 지급하는 것만으로는 수입대금 지급을 E가 하였다고 단언할 수는 없다.

3) 또한, 청구법인이 수입신고 당시 제출한 자료 중 운임 Invoice를 살펴보면, 중국 내륙 운송료, 중국에서 국내까지의 해상운송료, 창고료 등 수입제비용이 청구법인에게 청구되고 있음을 알 수 있다.
E 공급이 국내 납품계약이 아닌 수입대행계약이라면, 수입과정에서 발생하는 운임 등 제비용을 당연히 E에 재청구하여 청구법인이 비용을 부담하지 않는다. 그러나 OEM계약서 제5조(납품가격 규정)에 따르면 청구법인은 E로부터 정해진 납품가격대로 상품대금만을 지급받았을 뿐이고, 이러한 수입제비용에 대해서는 E에 재청구하지 않았다.

(라) 쟁점물품을 국내에서 처분 또는 판매한 실태를 보더라도 쟁점물품의 실제 화주는 청구법인이다.
1) 청구법인은 E와 쟁점물품 납품계약을 체결하면서 OEM 공급계약 형태를 선택하였고, 물품공급 방식도 제품 전량을 공급하기로 상호 합의하였다.

2) 청구법인은 쟁점물품 수입 후 전량 E에 공급하므로 E가 쟁점물품의 실제 수입화주라고 주장하나, 이러한 공급 방식은 일반적으로 공급자에게 일정 수준 이상의 이익을 보장해주기 위해 채택하는 거래방식의 하나일 뿐, 청구법인이 실제 소유자가 아니라는 주장의 근거가 될 수는 없다.

3) 또한, 청구법인은 E가 제작 요구한 완제품 액상샘플과 동일하게 제작하여 납품하였기 때문에 청구법인에게 소유권이 없다고 주장하나, 이는 OEM계약에 따라 청구법인이 E에게 공급해야 할 제품 규격 등을 E가 요구한 것이고, 이러한 공급 형태가 OEM 공급계약인 것이다.

4) 더불어 청구법인은 청구이유서에서 E가 공급처를 다변화하려고 시도하였을 때 청구법인이 E에게 계약위반이라고 항의한 결과, E가 청구법인의 수입 제품 전량을 인수하는 방안을 제시하였다고 주장하나, 이러한 계약관계를 통해서도 청구법인이 E의 단순 수입대행업체가 아니고 청구법인과 E가 국내 판매에서 독립된 거래 당사자임을 알 수 있다.
청구법인과 E 간 맺은 OEM계약서 제3조(공급조건) 제1항은 "을(청구법인)은 갑(E)이 지시하는 대로 제품 및 포장 등에 갑(E)의 상표, 로고, 기타 필요한 사항을 부착하여 생산된 제품의 전량을 갑(E)에게만 공급한다"라고 규정하고 있고, 제4조(주문 및 인도) 제1항은 "주문서에는 물품명, 규격, 수량, 인도시기, 인도수량 등을 명기한다"라고 규정되어 있다.
이들 규정은 E의 상표를 부착한 제품 전량을 주문서에 따라 E에만 공급하도록 규정하고 있는데, OEM계약의 특성상 공급자에게 일반적으로 요구되는 공급 조건이다.
그러므로, 주문자인 E가 공급자인 청구법인에게 납품하는 제품의 디자인이나 규격, 품질 등을 지정하여 요구하는 것을 두고 수입화주로서의 업무지시라고 할 수는 없다.

(마) 쟁점물품의 수입으로 인한 이익의 귀속관계를 보더라도 쟁점물품의 실제 화주는 청구법인이다.
1) 일반적인 수입대행계약에서는 수입물품가격 대비 수수료율(%)을 정하여 일정 수수료만을 수취하나, 청구법인은 OEM 공급계약서 제3조 및 제5조에 따라 대행수수료가 아닌 판매가격을 상호간에 결정할 수 있고, 상황 변화에 따라 판매가격을 조율할 수 있는 권리를 가지고 있다. 이를 통해서 수입업체가 위탁자와의 수입 대행계약에 따라 일정한 수수료를 받고 수입을 수행하는 수입대행계약과는 다르게 청구법인이 쟁점물품에 대한 소유권을 가지고 있다는 것을 알 수 있고, 나아가 쟁점물품에 대한 공급대가 수취방법만 보더라도 E에 대한 공급은 수입 이후 발생한 국내 판매행위였음이 분명하다.

2) 이와 별도로 쟁점물품 판매에서 얻은 이익부분에 대해서 살펴보더라도 쟁점물품의 수입으로 인한 이익은 청구법인과 E 간 위험부담 및 역할 정도에 따라 상호간에 배분되었다.
가) 청구법인은 E에 OO원에 납품하는 대용량 제품(30ml 액상)의 경우, 배당금을 제외하고 약 18.2%의 판매이익률을 가진다고 주장하나, 청구법인이 E c 대표에게 실제로 배당금을 지급하였는지를 입증할 자료도 제출하지 않았고, 또한 별도로 E에 배당금을 지급할 이유도 없으므로 실질적인 판매이익률은 24.2%〜27.3%이다.

나) 또한, E의 이익을 청구법인이 제시한 가격으로 계산해 보면 E의 1병당 판매이익은 OO원이고, 그 이익률은 70%이다.

다) 그러나, 위와 같이 계산하는 방법은 청구법인과 E의 거래단계별 역할(기능)의 차이를 고려하지 않은 계산방법이다. 청구법인은 수입 물량 전체를 E에 넘기므로 재고 부담이나 판매관리비 등 비용이 거의 발생하지 않는다. 반면에, E의 경우에는 청구법인으로부터 납품받아 국내 대리점에 재판매하므로, 대리점 판매과정에서 높은 판매관리비가 발생하고 별도의 재고 부담 비용도 발생할 수밖에 없다.

라) 제품 판매 이익은 시장에서의 지배적인 위치, 가격 협상력, 제품 판매량, 수요량과 공급량 간 관계 등 시장 상황에 따라 결정되고, 거래 시에 부담하는 위험 수준이나 공헌 정도에 따라 달라진다. 따라서, 단순히 판매가격에서 매입원가를 차감하여 이익의 적정성을 따질 수는 없다.

마) 대법원 판결에 비추어 보더라도, 당해 수입으로 인한 이익의 귀속관계 역시 이익이 누구에게 귀속되는지 인과관계를 종합적으로 살펴보아야 한다는 의미이지, 청구법인이 주장하는 것처럼 단순히 수입자의 국내 판매 이익과 유통업자의 유통단계에서의 이익을 비교하여 이익을 보다 더 많이 얻은 당사자가 실제 수입 화주가 된다는 의미가 아니다.

(바) 마지막으로 청구법인은 'E 사실관계 및 협조의향서'를 제시하며, E가 실제 납세의무자라는 것을 인정하고 있다고 주장하나, 위 의향서에 청구법인의 C사 니코틴 용액 수입과 관련된 사실관계가 기술되어 있고, E가 C사 니코틴 수입을 청구법인과 상의하여 결정하였다고 기재되어 있는바, 청구법인이 E의 일방적인 업무지시를 받아 쟁점물품을 수입하였다는 주장과는 서로 상충된다.
또한, E는 청구법인에게 수입대행을 진행한 품목이 있다면 명확히 확인하여 이에 대한 책임을 구분할 의향이 있음을 밝히면서, E가 실제 화주(납세의무자)라는 청구법인의 주장에 대해 E는 청구법인의 일방적 주장을 수용할 의사가 없음을 명확하게 밝히고 있다. 따라서 청구법인의 주장과는 달리 E의 공증서는 E가 실제 화주(납세의무자)임을 증명하는 것이라 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 부적법한 청구 여부(청구기간 도과, 쟁점처분①)
② 절차상 중대한 권리침해 여부
③ 중복조사에 해당하는지 여부
④ 청구법인이 실제 납세의무자인지 여부
⑤ (직권 심리) 납부지연가산세의 적정 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 감사원은 2019.12.4. 관세청에 탈세 및 국민건강 침해를 초래하는 전자담배의 줄기 니코틴 관련 감사결과를 통보하였고, 관세청은 2020.7.6. 처분청에 기획심사를 지시하였다.

(나) 처분청은 2020.8.10.부터 2024.9.5.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시한 결과, 쟁점물품이 연초의 잎맥으로 제조되었기 때문에 「담배사업법」상 담배에 해당한다고 보아, 과세전통지일로부터 3개월 이내에 부과제척기간이 만료되는 수입신고번호 OO호(2019.8.7.)에 대하여 2024.7.30. 청구법인에게 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원을 경정․고지(쟁점처분①)하였고, 과세전적부심사를 청구한 날부터 부과제척기간이 3개월 이내에 만료되는 수입신고번호 OO호(2019.11.22.)에 대하여 2024.9.23. 청구법인에게 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원, 가산세 OO원, 합계 OO원을 경정·고지(쟁점처분②)하였다.

(다) 청구법인이 쟁점심판청구를 제기하면서 제출한 조세심판청구서의 '처분의 내용'에는 "2024.7.30. 심사4관-OO호로 수입신고번호 OO호(2019.11.22.)로 수입신고 한 건에 대하여 과세전통지한 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원, 가산세 OO원의 합계 OO원 부과고지"라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 2024.11.18. 쟁점심판청구에 대한 청구이유서를 제출하면서 기존에 착오로 쟁점처분②의 수입신고번호 및 처분금액을 기재하였으나, 실제 쟁점심판청구의 대상은 "수입신고번호 OO호(2019.8.7.)에 대한 개별소비세 OO원, 부가가치세 OO원 및 가산세 OO원 합계 OO원"이라고 기재하였다.

(마) 청구법인은 쟁점물품의 실제 납세의무자는 청구법인이 아니라고 주장하면서 ㈜M와의 거래 경위, ㈜M와 ㈜G의 합병 및 그에 따른 계약관계 변경 내용, E의 거래처 다변화 시도 및 이에 대한 청구법인의 항의 내용, OEM 공급계약서, C사와의 거래 및 거래를 할 수밖에 없었던 당시 상황, 청구법인과 ㈜H 간의 업무계약서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점심판청구는 청구기간이 지난 후에 제기되었으므로 각하되어야 한다는 의견이다.
그러나, 청구법인은 처분일(2024.7.30.)로부터 90일 이내인 2024.10.24. 우리 원에 심판청구서를 접수하였고, 위 심판청구서에는 처분청의 2024.7.30.자 공문번호 '심사4관-OO호'가 기재되어 있으며, 처분청이 위 공문으로 청구법인에게 통지한 수입신고 8건 중 처분청이 과세처분하여 심판청구의 대상이 되는 수입신고 건은 쟁점처분①이 유일한바, 청구법인이 비록 심판청구서에 처분의 내용을 2024.7.30.자 공문에 기재된 과세전통지한 다른 수입신고 건으로 잘못 기재하였다가 청구이유서를 제출하면서 이를 바로잡았다고 하더라도, 이를 불복기한이 도과한 이후에 새로운 심판청구를 제기하였다거나 심판대상이 되는 처분을 심리과정에서 추가한 것으로 보기보다는 착오로 인한 당초 심판청구서의 오기를 수정한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 쟁점심판청구는 청구기간 내에 제기된 적법한 심판청구로 봄이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점② 및 쟁점③에 대하여 살펴본다.
1) 첫째, 청구법인은 법원 판례(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)에 비추어 처분청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세함으로써 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니하였으므로 중대한 절차적 하자가 있어 쟁점처분이 위법하다고 주장한다.
그러나, 위 판결에서 법원은 "「국세기본법」및 같은 법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재하여 위법하다"고 판시하였으나,
「관세법」 제4조 제1항에서 "수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세, 지방소비세, 담배소비세, 지방교육세, 개별소비세, 주세, 교육세, 교통‧에너지‧환경세 및 농어촌특별세의 부과‧징수‧환급 등에 관하여 「국세기본법」, 「국세징수법」, 「부가가치세법」, 「지방세법」, 「개별소비세법」, 「주세법」, 「교육세법」, 「교통·에너지·환경세법」 및 「농어촌특별세법」의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다"고 규정하고 있고, 「국세기본법」에서 과세처분에 앞서 과세관청이 과세예고 통지를 필수적으로 하여야 하도록 규정하고 있는 것과 달리 「관세법」 제118조 제1항 제1호에서 '통지하려는 날부터 3개월 이내에 관세부과의 제척기간이 만료되는 경우' 과세전통지를 생략할 수 있다고 명시적으로 규정하고 있으므로, 쟁점처분①에 위 판결을 그대로 원용하기는 어렵고, 처분청이 「관세법」 제118조 제1항 제1호에 따라 과세전통지를 생략하고 개별소비세 등을 부과한 쟁점처분①은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2) 둘째, 청구법인은 법원 판례(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)에 비추어 처분청이 과세전적부심사 청구에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하였으므로 중대한 절차적 하자가 있어 쟁점처분②가 위법하다고 주장한다.
그러나, 위 판결에서 법원은 "「국세기본법」 및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다"라고 판시하였으나,
2023.2.28. 「관세법 시행령」 제143조 제2항 제1호가 신설되면서 과세전적부심사를 청구한 날부터 관세부과의 제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사 결정이 있을 때까지 경정을 유보하지 아니한다는 예외사유를 규정하였으므로, 쟁점처분②에 위 판결을 그대로 원용하기는 어렵고, 처분청이 「관세법 시행령」 제143조 제2항 제1호에 따라 과세전적부심사 결정이 있기 전에 개별소비세 등을 부과한 쟁점처분②는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3) 셋째, 청구법인은 처분청의 쟁점처분에 대한 관세조사가 국세청의 세무조사와 중복조사에 해당하므로 중대한 절차적 하자가 있어 쟁점처분이 위법하다고 주장한다.
그러나, 국세청은 2017년〜2018년 기간 동안의 담배 제조·반출에 대한 개별소비세 및 부가가치세를 과세하였고, 처분청은 2019년〜2020년 기간 동안의 담배 반출에 대한 개별소비세 및 부가가치세를 과세하였는바, 과세기간, 과세대상물품, 과세시기 등이 달라 쟁점처분에 대한 관세조사가 「관세법」 제111조 제2항에서 금지하는 중복조사에 해당한다고 보이지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 E의지시에 따라 쟁점물품을 수입한 것에 불과하므로 쟁점물품에 대한 실제 납세의무자가 아니라고 주장한다.
그러나, 수입신고를 한 물품인 경우에는 「관세법」 제19조 제1항 제1호에 따라 그 물품을 수입신고하는 때의 화주가 납세의무자이고, 그 물품을 수입한 실제 소유자인지 여부는 구체적으로 수출자와의 교섭, 신용장의 개설, 대금의 결제 등 수입절차의 관여 방법, 수입화물의 국내에서의 처분·판매의 방법의 실태, 당해 수입으로 인한 이익의 귀속관계 등의 사정을 종합하여 판단하여야 하는 점,
청구법인은 쟁점물품을 수입하기 위해 수출자에게 직접 발주하였고, 중국 내 수출신고서를 비롯하여 Invoice, B/L, Packing List, 원산지증명서 등 수입통관 단계에서 제출되는 필수서류에 청구법인이 거래당사자로 기재되어 있으며, 청구법인은 한강유역환경청장에게 쟁점물품의 화주로 신고하였고, 쟁점물품의 대금을 직접 수출자에게 지급하는 등 쟁점물품의 수입거래 당사자는 청구법인으로 확인되는 점,
수입대행이란 수입대행자와 위탁자간 수입대행계약에 따라 일정한 대행수수료를 받고 수입대행자 명의로 수입하는 것을 의미하고, 이 경우 「관세법」 제19조 제1항 제1호 가목에 따라 위탁자를 납세의무자로 신고하여야 하나, 청구법인은 2017년 설립 이후 2020년까지 수입신고를 하면서 일관되게 청구법인을 납세의무자로 신고하였고, 중국 내 운송료, 해상운송료, 창고료 등 모든 수입비용을 청구법인이 지급하고 따로 E에 이러한 비용을 청구한 사실이 없는바, 청구법인과 E를 수입대행 관계로 인정하기 어려운 점,
청구법인은 E와 쟁점물품 납품계약을 체결하면서 OEM 공급계약 형태를 선택하였고, E가 지시하는 대로 제품 및 포장 등에 E의 상표, 로고, 기타 필요한 사항을 부착하여 생산된 제품의 전량을 E에만 공급한 것은 OEM 계약의 특성상 일반적으로 공급자에게 요구되는 조건인바, 이러한 거래조건을 이유로 쟁점물품에 대한 소유권이 청구법인이 아닌 E에 있다고 보기 어려운 점,
물품의 수입으로 인한 이익의 귀속관계에서 거래 시에 부담하는 위험 수준이나 역할 정도에 따라 이익이 배분되는 것인바, 청구법인은 수입 물량 전체를 E에 납품하므로 재고 부담이나 판매관리비 등의 비용이 거의 발생하지 않는 반면, E는 청구법인으로부터 납품받은 쟁점물품을 국내 대리점에 재판매하므로 대리점 판매과정에서 높은 판매관리비 및 별도의 재고를 부담하므로 쟁점물품의 처분으로 인한 E의 이익이 청구법인의 이익에 비해 크다고 하여 E가 쟁점물품의 실제 수입 화주가 된다고 보기는 어려운 점,
청구법인이 제시한 'E 사실관계 및 협조의향서'에서 E는 청구법인에게 수입대행을 진행한 품목이 있다면 명확히 확인하여 이에 대한 책임을 구분할 의향이 있다고 하면서도 청구법인의 일방적 주장을 수용할 의사가 없다고 한바, 위 의향서를 두고 E가 쟁점물품의 실제 화주라고 인정한 것으로 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점물품의 수입 화주를 청구법인으로 보아 개별소비세 등을 부과한 쟁점처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 직권으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 처분청은 2019.12.4. 감사원장으로부터 탈세 및 국민건강 침해를 초래하는 전자담배의 줄기니코틴 관련 감사결과를 통보받아 2020.8.10. 청구법인에 대한 개별소비세 및 부가가치세 등 관련 관세조사에 착수한 이래 2024.9.5.까지 장기간 관세조사(전체기간 약 4년 1개월)를 실시하면서 2020.11.4.부터 2020.11.13.까지(1차 중지, 10일), 2020.11.26.부터 2021.2.1.까지(2차 중지, 68일), 2021.2.10.부터 2024.7.18.까지(3차 중지, 1,255일), 2024.8.2.부터 2024.8.27.까지(4차 중지, 26일) 등 수차례 관세조사 중지·재개를 반복하였는데,
국세청이 2021.1.7. 2017년〜2018년 기간 동안의 담배 제조·반출에 대한 개별소비세 및 부가가치세를 청구법인에 과세할 무렵에는 처분청도 쟁점물품이 개별소비세 과세대상 물품에 해당함을 인지하였고, 국세청과의 이중과세 여부를 확인할 수 있었다고 보임에도, "국세청과의 중복 여부 및 국세청 과세처분의 불복결과(조세심판원) 등 추가조사 후 재상정한다(2021.2.5. 심사처분심의위원회 심의결과)"는 이유로 2021.2.10.부터 부과제척기간의 만료가 임박한 2024.7.18.까지 아무런 조치 없이 관세조사를 중지하였다가, 2024.7.30.에 이르러 청구법인에 관세조사 결과를 통지하고, 2024.7.30. 및 2024.11.18. 쟁점처분을 하였는바, 2021.2.10. 이후 미납행위의 귀책사유가 청구법인에만 있다고 보기 어려우므로 2021.2.10.부터 쟁점처분일까지의 납부지연가산세는 부과하지 아니함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「관세법」 제131조 및 제128조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.